联合收割机的调整不当可能是导致脱粒不净且碎籽多的主要原因之一。收割机的脱粒器需要根据不同的作物和湿度进行调整，以确保有效的脱粒和清洁。如果调整不当，可能会导致脱粒不完全，残留的碎籽增多。因此，农民在使用联合收割机前，应该仔细学习和掌握脱粒器的调整方法，并按照要求进行调整。
作物的生长情况也会影响联合收割机的脱粒效果。如果农作物生长不均匀，部分植株过早地成熟，而部分植株仍未成熟，就会导致脱粒不净且碎籽增多。因此，农民在选择收割时间时应尽量选择整体成熟度较高的时期，以确保脱粒的效果。
此外，联合收割机的维护保养也是影响脱粒效果的重要因素。如果收割机的刀片磨损严重，或者脱粒器的清洁不彻底，都会导致脱粒不净且碎籽增多。因此，农民在收获季节前应对联合收割机进行全面的检查和维护，确保机器的正常运转和良好的脱粒效果。
气候条件也会对联合收割机的脱粒效果产生影响。如果在潮湿的天气条件下进行收割作业，湿度会导致作物的脱粒困难，从而导致脱粒不净且碎籽增多。因此，农民应该合理安排收割时间，选择气候条件较为干燥的时期进行作业，以提高脱粒的效果。
