水稻立枯病主要症状是苗棵枯黄干死，主要是秧苗期发。
水稻立枯病会出现病秧、弱秧等症状。在发病后，秧苗容易枯萎，并且细弱，容易拔断。
芽腐出苗前或刚出土时发生，幼苗的幼芽或幼根变褐色，病芽扭曲、腐烂而死。在种子或芽基部生有霉层。针腐多发生于幼苗立针期到2叶期，病苗心叶枯黄，叶片不展开，基部变褐，有时叶鞘上生有褐斑，病根也逐渐变为黄褐色。种子与幼苗基部交界处生有霉层，茎基软弱，易折断，育苗床中幼苗常成簇，成片发生与死亡。黄枯、青枯多发生于幼苗2.5叶期前后，病苗叶尖不吐水，叶色枯黄、萎蔫，成穴状迅速向外扩展，秧苗基部与根部极易拉断，叶片打绺。在天气骤晴时，幼苗迅速表现青枯，心叶及上部叶片“打绺”。幼苗叶色青绿，最后整株萎蔫。在插秧后本田出现成片青绿枯死。
水稻立枯病会出现病殃、弱殃，秧苗枯萎、细弱容易拔断。
