微生物毒素对食用菌产品的污染主要环节有两个方面：
一是食用菌产品在加工、贮存过程中受微生物所污染，微生物分泌毒素到产品中，造成变质污染。这是微生物直接污染；
二是食用菌栽培基质原材料受微生物污染或在栽培过程中受微生物污染，微生物分泌的毒素并非直接在食用菌产品中，而是在食用菌栽培的基质中，通过食用菌菌丝吸收输送到子实体中而造成污染。
