病菌可能在土壤中病残体上越冬，翌年从植株的气孔或伤口侵入。玉米60cm高时组织柔嫩易发病，害虫为害造成的伤口利于病菌侵入。此外害虫携带病菌同时起到传播和接种的作用，如玉米螟、棉铃虫等虫口数量大则发病重。
传播：带有镰刀菌的植株残体→子囊壳→子囊孢子→气流传播种子带菌，分生孢子和菌丝体借风雨、灌溉、机械和昆虫进行传播。
病菌可能在土壤中病残体上越冬。
被害虫咬食的伤口，会促进病菌的侵染。除草剂药害是引起玉米细菌性茎基腐病的主要原因。高温多雨天气利于玉米茎基腐病的发生。玉米连作种植也会引起再次发生。
在田间可借风雨、灌溉水、机械和昆虫进行传播，发生多次再侵染。连作年限越长，土壤中积累病菌多，发病重。
