依托天然循环弥补微量元素已无法适应现代农业高产稳产的需要，合理弥补在天然循环中造成的不平衡已是不可或缺的重要手段。中国农科院泥土肥料研究所张树清博士提示，合理施用微肥必须留意以下问题。
依据泥土的具体情况，测土施肥，有的放矢。测土是施肥的前提，搞好土地勘查是科学施肥的基础，应依据泥土中微量元素的丰缺程度来决定是否需要施用微肥，过量施用不仅会造成肥害，还会污染环境。
针对不同植物的敏感元素，突出重点。不同作物对各种微量元素的需要有差别，敏感程度也不相同。如油菜、大豆、花生根系作物以及果树、蔬菜等对硼敏感；水稻、玉米对缺锌比较敏感，而对锰肥则反应较差；小麦对缺锌不敏感，而对锰肥比较敏感。节制不同植物的敏感元素，对症下药，是最经济的施肥手段。
依据农作物的生长特点，适时适量施肥。适时施肥，就是在农作物对某种微量元素需要量最大的时期施肥，能力收效最大。
通常情况下，微肥可采取拌土撒施或沟（条）施；亦可进行种子解决，如配制0.05％—0.1％的溶液拌种；移栽作物时也可用含微量元素的悬浮液蘸根蘸秧解决：后期或苗期补肥，可配成0.05％—0.5％的溶液叶面喷施。
不同微肥、不同使用方法其施用浓度不同。同时，还须留意，不同农作物所需的敏感元素不同，科学部署轮作是避免某种微量元素奇缺的有效手段。
另外，为了提高肥料效率，单一化肥的用量越来越少，含多种元素的复合肥越来越多。但现有的复合肥厂，只是容易的将各种元素的无机盐按比例混杂加入，完全忽略各元素间的副反应。这样固然加入了不少微量元素，但真正能为农作物吸收的却很少。为了避免各元素间不良副反应和拮抗作用，除了威严测土施肥外，还应依据不同农作物配制不同的全元素复合肥，同时将微量元素生成螯合物，才可有效地避免互相间的不良副反应和拮抗作用，提高微量元素的利用率，减少肥料的散失。
