使用过的薯窖，避免不了要残存一些薯块带来的土壤，残、烂、废薯等，这些东西上都会附着杂种真菌和细菌，接触过薯块的墙壁、通风道、通风沟、垫板等也会附着病原菌，如果不经处理就使用，肯定会成为下次存贮茎块的菌源，所以必须认真进行清理和消毒灭菌。
首先是把薯窖地表的土和一些残存的杂物清理出去，窖内不留死角。同时，要运进新从山上或河滩取回来的沙土，均匀铺垫到地面上。然后，对墙壁等全方位进行消毒。可以使用75%的百菌清可湿性粉剂500倍液，对墙壁、地面、通风道喷雾消毒。也可用百菌清烟剂熏蒸消毒，施药后密闭36小时以上，然后通风，也可用硫磺或甲醛溶液熏蒸。
