莲藕较少时可以用水缸储存。先把要存放的莲藕洗干净，放入盛清水的缸里，每个星期换水1次，可存放2个月左右，并且能保持其白嫩鲜脆。
莲藕较多时可以用土坑储存。先挖一个土坑，在坑底铺一层细湿土，然后选择品质好、茎粗壮、根完整的莲藕平整地铺放一层，接着在上面撒一层细土，再继续铺第2层莲藕……如此可叠放5~6层，最上层再撒上10厘米厚的细土，最后盖上一层厚厚的树叶、柴草即可。
莲藕最佳储藏温度为5℃，在此温度下，经保鲜剂处理的莲藕可保鲜3~4个月。储藏温度不能低于5℃，在5℃以下长时间储藏会使莲藕组织发生软化而无食用价值。
