药剂防治的关键是在雨季来临之前5～7天开始用药；喷雾与灌根相结合。一般宜在定植前用25%瑞毒霉或75%甲霜灵800液，5～7天灌一次根。定植后，发病初期可用64%杀毒矾可湿粉剂500倍液喷雾、800倍液灌根；77%可杀得可湿性粉剂500倍液喷雾、800倍液灌根；58%甲霜灵锰锌500倍液喷雾、800倍液灌根。每隔7～10天喷一次，连续2～3次，严重时每隔5天喷一次，连续3～4次。不同药剂可以交替使用，以达到较好的防治效果。
防治辣椒疫病的措施有农业防治和药物防治相结合。
