辣椒立枯病在苗期和成株期均可发病，但一般多发病于苗期：尤其是幼苗中后期。
症状：病菌主要危害秧苗的茎基部，初发病时辣椒苗茎基部出现椭圆形暗褐色病斑。刚开始患病时，幼苗白天萎蔫，早晚恢复正常。继续发展，病斑逐渐凹陷扩大，绕茎一周，形成缢缩，导致秧苗死亡，但幼苗并不立即倒伏，仍然保持直立状态，故称之为“立枯病”，是与猝倒病不同的特征。湿度大时，病部可见到蛛网状稀疏淡褐色霉层，无明显白霉，可与猝倒病区别对待。
防治措施：①种子处理。用“拌种双”拌种杀菌。②床土消毒。床土消毒时要注意，不能单独用五氯硝基苯，必须用等量混入50%的福美双可湿性粉剂，每平方米8-10克，拌细土10-15公斤，1/3撒铺床底，2/3播种后覆盖种子。③加强苗床管理，合理通风。规范苗床管理，降低苗床湿度，防止苗床温度忽高忽低。④药剂防治。发病初期，喷施20%的甲基立枯磷乳油1200倍液、36%的甲基硫菌磷500倍液、15%的恶霉灵水剂450倍液、5%的井冈霉素水剂1500倍液等。若猝倒病和立枯病混合发生时，可用72.2%普力克水剂800倍液加50%福美双可湿性粉剂600倍液。喷药时喷洒茎基部及地面周围，7-8天喷一次，连续喷2-3次。
