目前选择治疗用的药物主要是水溶性青霉素类衍生物。生物防治球虫病是最佳选择。越来越多的抗球虫药物已被列为违禁药物。
鸡球虫分小肠球虫和盲肠球虫。盲肠球虫用三字球虫粉饮水，效果很好。小肠球虫一般是用磺胺喹啉钠、盐酸土霉素或者中药青蒿散等。预防球虫病主要是保持鸡舍干燥，勤通风，及时打扫更换垫料。
