黑斑病菌主要以厚垣孢子、子囊孢子和菌丝体在贮藏病薯、大田、苗床土壤及粪肥中越冬，成为翌年发病的主要侵染源。病薯病苗是病害近距离及远距离传播的主要途径，带菌土壤、肥料、流水、农具及鼠类、昆虫等都可传病。
红薯黑斑病的病菌主要靠带病种薯传病，其次为病苗，带病土壤及肥料进行传播。可直接侵入红薯苗根基，在薯块上从伤口侵入，也可通过根眼、自然裂口、地下虫咬伤口等侵入。
