在高密度养殖中的大量投入，饵料残余和水产动物的排泄物在水中大量积增以及防治病害药物的大量使用，造成养殖水体污染，导致水产养殖环境日趋恶化、病害频发、抗生素滥用等问题出现。在此情况下，微生物制剂和生物肥料以其天然、无毒、无副作用、无污染、无残留和价廉、高效、安全可靠的优越性，正在被广泛的推广应用于生产。
1、水质改良作用。微生态制剂可快速分散、分布于水体各部位，参与鱼类残饵、粪便及水中有机质的分解，加快水环境改良，抑制水中有害菌群的繁殖生长。通过对水中各类有机物质的分解，有效降低了水中亚硝酸盐、氨氮的总体水平，促进鱼虾类健康生长。2、改善机体代谢功能。微生态制剂作为饵料添加剂已被广泛使用，其在动物消化道内的繁衍增殖可产生大量动物生长过程中必需的营养物质，如氨基酸、维生素、胆盐等，提高动物体消化吸收效率。此外，许多肠道有益菌所具有的活性较强的淀粉酶、脂肪酶、蛋白酶等可提高饲料转化率，降低养殖饲料系数。3、抑制病原菌，提高免疫力。微生态制剂所产生的大量有益菌群与病原菌间就生存和繁殖的空间、时间、定居部位以及营养素等展开竞争，有效抑制了病原菌的生存、繁殖、定居以及附着，改善了养殖动物内外生存环境。
1.微生态制剂的施用时，有益菌的活化和繁殖需要耗氧，因此，施用时间最好在晴天上午或施用后补充增氧，则能发挥出较理想的作用和效果。2.微生态制剂的活菌总数为使有益菌尽快与有害菌竞争形成上风并能持续，微生态制剂所含活菌总数必须要达到一定的指标，另外首次使用和换水后使用用量要充足，并坚持长期连续使用，效果才能达到最佳。3.抗生素对微生物的拮抗作用环境是否适合有益菌的生存和繁殖，也是在使用微生态制剂时所必须留意的题目，如同时使用抗生素或消毒剂时，因抗生素对微生物的拮抗作用会降低其作用效果。所以，在使用微生态制剂时，一般不使用抗生素或消毒剂，如使用应间隔至少在5天以上。
