预防西瓜枯萎病主要是倒茬轮作和土壤处理。
（1）发生过西瓜枯萎病由田块，最好间隔3年以上再种西瓜。发现病株立即拔掉烧毁，并在病株穴中灌入20%的新鲜石灰乳，每穴灌药液500ml。（2）选用抗重茬的西瓜品种，也可用葫芦做砧木嫁接西瓜苗，加强栽培管理。（3）瓜地要选地势较高，排水良好、肥沃的沙质壤土地。雨后要注意排水，防止积水成涝。浇水最好沟浇；采用细水渗灌，不要大水漫灌。（4）施足底肥，增施有机肥，注意氮，磷、钾肥配合施用，防止偏施氮肥，特别是结瓜期更要控制氮肥的用量，防止蔓叶徒长，诱发枯萎病，如土壤偏酸性，则需施硅钙钾或糖醇钙镁等调理土壤PH值到处以上。
