枸杞根腐病的防治方法有：（1）新建杞园要选择在地势高燥的沙壤上，严禁栽植有病种苗；（2）常发病地区或田块提倡轮作，最好水旱轮作；（3）整治植地排灌系统，平整土地，高畦深沟栽培，降低地下水位，雨后清沟排渍，防止土壤过湿；（4）配方施肥，增施磷钾肥，避免施用未充分腐熟的土杂肥；（5）发现病株及时挖除，补栽健株，并在病穴施入石灰消毒，必要时可换入新土。
枸杞根腐病可以用代森锰锌防治。
