因为一般三系杂交水稻是由恢复系和不育系杂交而得，所以其命名就根据亲本材料的名字而命名。三系杂交水稻包括：不育系，保持系，恢复系。一般杂交种子是由自交繁殖的恢复系和利用保持系繁殖的不育系，杂交而得。所以，要保证杂交水稻的成功，父本材料恢复系，母本材料不育系，以及保证不育系能够稳定遗传的保持系都要具备。而两系杂交水稻，是把恢复系和保持系结合使用，利用光敏，温敏等材料繁育，使恢复系在不同气候条件下可以表现出保持系的特性。
三系或两系各有优缺点。三系感病率低于两系，两系的产量高于三系。
三系杂交稻，雄性不育系，靠保持系花粉繁殖；两系杂交稻中，雄性不育系在光照条件达到时，即可恢复花粉功能，可以自花授粉，完成繁殖。
三系感病率低于两系，但两系产量高于三系。
