西瓜褐腐病的病原以分生孢子器随病残体在土壤或田间草丛中越冬。第2年条件适宜时病原通过风雨传播到西瓜叶片上，病原萌发侵入后引起初侵染和再侵染。
病菌在土壤中主要以卵孢子形式越冬，翌年形成初侵染源。发病后，病斑上生成的分生孢子，借雨水飞散，四处蔓延。高湿条件下发病较重，排水不畅的地块及酸性土壤易发病。果实直接接触地面时也容易发。
