病菌主要以菌核在土壤中及混杂在种子中越冬或越夏。在环境条件适宜时，菌核萌发产生子囊盘。子囊盘散放出的子囊孢子借气流传播蔓延，穿过寄主表皮角质层直接侵入，引起初次侵染。
茄子菌核病属于真菌病害，病菌以菌核在土壤中越冬，也可在种子上越冬。翌春茄子定植后菌核萌发，抽出子囊盘即散发子囊孢子，随气流传播到寄主上，由伤口或自然孔口侵入进行侵染。子囊孢子萌发先侵害植株下部叶片和花瓣，受害花瓣及叶片脱落，菌核本身也可以产生菌丝直接侵入近地面茎叶和果实。
