芹菜软腐病在生长期和贮运期均有可能发病，从而带来损失。因此在种植中，应实行轮作，并合理密植，加强管理。在发病初期，将病株拔除，使用农用硫酸链霉素可湿性粉剂或新植霉素、络氨铜水剂进行喷施治疗。
发现病株及时清除，并撒入石灰等消毒，并配合喷施新高脂膜800倍液防止病菌扩散；同时根据植保要求喷施针对性药剂72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂等喷雾防治，并喷施新高脂膜800倍液增强药效，提高药剂有效成分利用率。
发病初期就开始喷洒新高脂膜配合针对性杀虫剂，每7～10天喷1次，连续喷3～5次，防止病菌滋生，提高防止效果。
