覆盖地膜，合理施肥。利用地膜阻挡子囊盘出土，要求铺严。此外避免偏施氮肥，要增施磷钾肥。有条件的可铺盖沙泥，阻隔病菌。重点抓生态防治，必要时喷洒50%农利灵可湿性粉剂1000倍液或50%扑海因可湿性粉剂1000～1500倍液、50%速克灵可湿性粉剂1500～2000倍液、40%纹桔利可湿性粉剂800～1000倍液、50%混杀硫悬浮剂500倍液。
豌豆的菌核病发病初期可以用腐霉利或者异菌脲防治。
豌豆菌核病是真菌病害防治用真菌绝杀效果很好。
可以使用扑海因速克灵进行防治。
选无病种子，轮作，除草，用多霉灵防治。
