1、做好苗棚内通风透气、透光管理，以保持苗床良好的温湿度，减少病菌繁衍的有利环境。并加强排水设施的完善，雨后及时排出积水并适时松土，以提高土壤疏松透气度，减少因积水、土壤板结化造成幼苗烂根。
2、木瓜幼苗根系幼嫩施肥时以稀浓度为好，浓度太大幼根吸收不了且会造成幼根细胞内的自由水向外渗透失水死亡而引起烂根。
3、及时防治根线虫为害，发现受害植株及时拔除带出田外销毁，并喷施针对性药剂加新高脂膜防护，连喷2-3次，以有效防治根线虫为害，减少幼苗烂根产生。
