危害大棚芹菜的主要病害有斑枯病、疫病，可用70%甲基托布津，64%的杀毒矾，75%的百菌清，70%代森锰锌等可湿性粉剂交替喷雾防治。主要害虫有蚜虫，可用40%氧化乐果乳剂及80%敌敌畏乳油，每隔5～7天，交替使用2～3次防治。
大棚芹菜采用擗收方式，当株高达60cm以上时，即可采收。每20～25天擗收一次，一般擗收四茬。每茬擗收前2～3天浇水，以增加产量，提高品质。擗收后3～5天结合追肥浇水，亩施尿素15～20kg。
