双孢菇菌丝长满料层接近床底时，就可覆土。采取稻田土和草炭土混合一次性覆盖，覆土厚度3.5-4厘米为宜。覆土材料必须消毒。
覆土一天后进入覆土后的管理期。管理的重点是促控结合，最终使土层菌丝发足发粗，为出菇做好准备;另一方面要控制好“吊菌丝”部位，既不能让菌丝过早地扭结出菇，也要控制住土层菌丝徒长，防止冒菌丝。室温维持在21℃～22℃，床温维持在24℃～25℃。当菌丝布满覆土表面80%时要立刻降温，控制在16℃～18℃，促使蘑菇原基形成。
