1、选择优良品种和种藕。深水藕应选择适宜深水栽培的优良品种。如台莲藕等。选择具有本品种优良特征，后把节较粗的整藕或较大的子藕作种藕。种藕必须新鲜、粗壮、完整无缺，至少有4节以上充分成熟的藕身，顶芽完整。
2、选择适宜的水面。深水藕应选择浅湖、河湾、水流平缓、涨落平稳，水下淤泥层厚达20厘米以上的水面。夏季汛期最大水位不超过120厘米。
3、适当整地，合理施基肥。深水藕栽植前如条件允许，应带水耕耙。如果水位较深，不便耕耙，可用大铲将田土适当整平。每亩施堆厩肥1500-2000公斤或绿肥鲜草2500公斤作基肥，基肥应耕耙入土。深水田易缺磷，最好每亩施过磷酸钙20-30公斤，促进壮苗早发。
4、适时栽植。因水位较深，土壤温度回升缓慢，种植期要比浅水藕推迟10-15天。
5、固体追肥。深水中肥料易流失，不宜施液体肥料。追肥时应将厩肥或青草埋入泥中，如用化肥作追肥，应将化肥与河泥充分混合，做成泥团，施入藕田。结合喷施光合营养膜肥可提升光合作用产能营养物质和叶绿素、高级环保型植物增肥、增产、增色、叶片肥厚、干茎强壮的复合药膜。可助力植物吸收大量光肥、光能、光照、兼容常规肥料、养料供给植物生长发育至极限。一次施用全年受益。
6、防涝防风浪。深水藕水位不易调节。在汛期到来时，如果立叶被淹没，应在24小时内紧急排水，使荷叶露出水面，以防淹死。深水藕易受风浪影响，特别是结藕期受台风袭击，常造成严重减产。因此，可在藕田四周种几行茭白，可防风浪和风害。
