甜瓜枯萎病是典型的土传真菌病害，典型症状是萎蔫。在植株整个生育期均可发生，但以开花坐果期发病最重，常引起瓜秧枯萎死亡。出苗期发病，幼苗茎基部变褐缢缩，下部叶片变黄猝倒而死，剥开病部放大观察，可见幼嫩组织变淡褐色。
苗期染病，病苗叶色变浅，逐步萎蔫，最后枯死，剖茎可见维管束变色。成株期发病，植株叶片由下而上萎蔫下垂，部分叶片叶缘变褐或产生褐色坏死斑，最后全株枯死。
