在扬花初期，每氰烯菌酯悬浮剂进行喷雾防治。
1）选用抗（耐）病品种,截止2013年未找到免疫或高抗品种，但有一些农艺性状良好的耐病品种，各地可因地制宜地选用。（2）农业防治合理排灌，湿地要开沟排水。收获后要深耕灭茬，减少菌源。适时播种，避开扬花期遇雨。提倡施用酵素菌沤制的堆肥，采用配方施肥技术，合理施肥，忌偏施氮肥，提高植株抗病力。播种前进行石灰水浸种，方法参见小麦散黑穗病。二、药剂防治①用增产菌拌种。②防治重点是在小麦扬花期预防穗腐发生。在始花期喷洒，要在小麦齐穗扬花初期（扬花株率5～1人用药。药剂防治应选择渗透性、耐雨水冲刷性和持效性较好的农药氰烯菌酯悬浮剂，或戊唑·咪鲜胺，或烯肟·多菌灵可湿性粉剂。
