细菌性感染：底部排泄物过多，而改底又不及时，容易滋生大量弧菌感染对虾鳃部。
纤毛虫类附着：改底次数较少或改底产品效果较差，滋生大量纤毛虫，引发黑鳃。
藻类寄生：不良藻类大量繁殖导致黑鳃、烂鳃高发。
真菌-镰刀菌寄生：镰刀菌寄生引发对虾黑鳃。
一、细菌性侵染
1、养殖对虾时，由于底部的排泄物过多，改底不及时，底质恶化，病原微生物大量繁殖，pH不稳定，大量弧菌繁殖继而感染对虾鳃部，其中以溶藻弧菌、副溶血弧菌、鳗弧菌最为常见。
2、防治措施：对虾池进行彻底清淤消毒，生长季节定期用碘或抑菌净水进行消毒；高温季节提高水位，适当加大换水量，保持良好的水质；一旦发病，及时治疗。
二、纤毛虫类附着
1、对虾鳃部纤毛虫的寄生，引发鳃部发黑。在对虾的养殖过程中，改底次数较少或改底产品效果较差，致使池塘底部有机质较多，滋生大量纤毛虫，而纤毛虫寄生于白对虾的头部、鳃部，使得对虾体质下降，鳃部粘附大量有机碎屑或藻类，常呈黄褐色或黑色。
2、防治措施：放苗前，对虾池进行彻底清淤消毒；保持水质清新；放苗后注意经常换水；投饲要适量，尽可能避免过多的残饵沉积于池底而造成水质污染；使用产品杀灭或抑制纤毛虫的生长，并迅速解毒，吸附络合有机质，控制虫体生长繁殖速度。
三、藻类寄生
1、不良藻类过盛繁殖，出现“蓝藻水华”，镜检可见大量微囊藻。此种藻类颗粒会随对虾呼吸而进入鳃部，会因藻类颗粒积累过多而产生黑鳃、烂鳃现象。
2、防治措施：根据实际情况，适时换水，降低藻类数量，保持藻类的活力；定期使用水体平衡剂全池泼洒，净化水质，及时吸附死藻等有机碎屑；定期使用氨氮降解剂或亚销克星，净化水质，降解氨氮和亚盐的毒性，同时与藻类竞争营养盐，抑制藻类的生长。
四、真菌-镰刀菌寄生
1、成熟的镰刀菌菌丝体为黄褐色，使得感染虾在发病早、中期鳃部为黄色，之后随着大分生孢子的取代和黑色素的沉积，对虾死亡时，鳃部多数变为黑色，因此常被归入“黑鳃”病。
2、防治措施：严格消毒对虾养殖池，将分生孢子全部杀死；在感染初期尚未发现明显症状时，应定期调水消毒，可以抑制镰刀菌的生长发育，降低对虾死亡率。
五、环境不良
1、养殖用水被镉、铜、原油等污染后导致水质变差，池底残存饲料腐烂分解后产生氨、亚硝酸盐、硫化氢等物质，使虾慢性中毒而引起黑鳃病；也有因为在防治虾病时使用硫酸铜或高锰酸钾剂量过大或次数过多，铜离子直接损伤鳃丝，或高锰酸钾形成的二氧化锰粘附在鳃丝表面，引起黑鳃。
2、防治措施：放苗前彻底清淤消毒；根据水质情况，适时适量换水；定期用免疫应激产品灵或者营养素拌料，补充维生素；尽量少用或不用含硫酸铜或高锰酸钾成份的药品，如若必须用时，切勿过量，并注意换水。
六、饲料营养不全、缺乏维生素C
1、对虾饵料中的营养物质不全面、微量无素缺乏，特别是维生素C的缺乏，引起黑鳃。这与长期投喂单一饲料、前期肥水不利有关。
2、防治措施：换水或遇到阴雨天气需要泼洒维生素C，避免应激；定期在饲料中添加维生素C。
