多菌灵的使用效果一般比百菌清更好，因为多菌灵的内部吸收能力更强。
对植物喷施百菌清之后，其体表会产生一层不易被雨水冲走的药膜，随即通过触杀作用杀灭病菌，而多菌灵具有内吸性和保护能力，喷施后可被植物吸收，并在其体内传导发挥作用。
百菌清适合灌根，多菌灵适合叶面喷雾，喷施后其持效时间比百菌清更久。
一、百菌清和多菌灵哪个好
百菌清和多菌灵相比，后者的使用效果一般更好，原因如下：
1、百菌清和多菌灵都属于广谱杀菌剂，前者喷在植物上面后，会在体表产生良好的附着力，不易被雨水冲走。后者具有内吸性和保护能力，喷施后可被植物吸收，并通过体内传导发挥出效果。
2、从使用角度来看，百菌清和多菌灵基本一致，但百菌清更适合根部灌溉，而多菌灵更适合叶面喷雾，而且在叶片上的附着力较强，持效时间较长。
3、综上所述，多菌灵对患病叶片的治疗效果强于百菌清，且内部吸收能力也更强。
二、百菌清与多菌灵的区别
1、杀菌广谱性不同
（1）百菌清：主要防治对象为鞭毛菌亚门、半知菌亚门等病菌引发的病害，比如叶霉病、叶斑病、溃疡病、疫病、霜霉病、晚疫病、炭疽病、茶饼病、网饼病、黑斑病、斑枯病等。
（2）多菌灵：主要防治对象为担子菌亚门、子囊菌亚门、半知菌亚门等病菌引发的病害，比如黑斑病、褐斑病、赤霉病、轮纹病、炭疽病、灰霉病、菌核病、白粉病、黑穗病、黑星病等，但是对卵菌、长蠕孢菌、链格孢菌等病菌无效。
2、作用机理不同
（1）百菌清：能够与病原真菌细胞中的三磷酸甘油醛脱氢酶产生反应，并与该酶中含有半胱氨酸的蛋白质相结合，使其失去活性，最终导致病菌因新陈代谢受到破坏而失活。
（2）多菌灵：对菌体细胞的作用类似秋水仙素，能与细胞核中微管蛋白的亚基结合成复合体，阻碍细胞分裂时纺锤丝的正常形成，抑制细胞的有丝分裂，达到杀灭病菌的作用。
3、杀菌方式不同
（1）百菌清：无內吸作用，属于保护性杀菌剂，施药后可在植物的叶片、果实等部位的表面形成药膜，并通过触杀作用杀灭病菌，持效期为7天左右。
（2）多菌灵：具有保护、治疗作用，属于高效、低毒、内吸性广谱杀菌剂，植物吸收后会在其体内传导至其他部分，从而达到持续杀菌的效果，持效期通常可达到30天以上。
4、使用方法不同
（1）百菌清：通常在病害发生前使用，主要用法为喷雾、熏烟，对多种病害具有保护作用。
（2）多菌灵：用法较多，比如拌土、喷雾、浸种、浸根、灌根等。
