作用机理不同：百菌清可以和病菌细胞中的三磷酸甘油醛脱氢酶发生反应，使其失去活性，并破坏病菌细胞的新陈代谢，最终导致病菌失去生命力，多菌灵可以和细胞核中微管蛋白的亚基结合成复合体，抑制细胞的有丝分裂，从而起到杀菌作用。
杀菌广谱性不同：百菌清主要可以防治鞭毛菌亚门、半知菌亚门等病菌引发的病害，多菌灵主要可以防治子囊菌亚门、担子菌亚门、半知菌亚门引发的病害。
一、作用机理不同
1、百菌清：能够与病原真菌细胞中的一种酶（三磷酸甘油醛脱氢酶）发生反应，并与该酶中含有半胱氨酸的蛋白质相结合，使其失去活性，从而让病菌细胞的新陈代谢因受到破坏而失去生命力。
2、多菌灵：属于苯并咪唑类杀菌剂，可阻止病菌菌丝的生长，对菌体细胞的作用类似秋水仙素，能与细胞核中微管蛋白的亚基结合成复合体，阻碍细胞分裂时纺锤丝的正常形成，抑制细胞有丝分裂，从而起到杀菌效果。
二、杀菌广谱性不同
1、百菌清：防治对象以鞭毛菌亚门、半知菌亚门等病菌引发的病害为主，比如疫病、霜霉病、晚疫病、叶霉病、叶斑病、溃疡病、黑斑病、斑枯病、炭疽病、茶饼病、网饼病等。
2、多菌灵：防治对象以子囊菌亚门、担子菌亚门、半知菌亚门等病菌引发的病害为主，比如灰霉病、菌核病、赤霉病、轮纹病、炭疽病、白粉病、黑穗病、黑星病、黑斑病、褐斑病等，对卵菌、链格孢菌、长蠕孢菌等病菌无效。
三、杀菌方式不同
1、百菌清：属于保护性杀菌剂，无內吸作用，施药后可在植物的叶片、果实等部位的表面形成一层致密的膜，通过触杀作用杀灭病菌。对病害起到预防作用，持效期只有7天左右。
2、多菌灵：属于高效、低毒、内吸性广谱杀菌剂，具有保护、治疗作用，植物吸收后会在其体内传导至其他部分，从而达到持续杀菌的效果。持效期一般可超过30天，用于土壤处理或拌种时，持效期更长。
四、使用方法不同
1、百菌清：无內吸性，在生产上的使用方法以喷雾、熏烟为主，对多种病害具有保护作用，通常在作物发生病害之前使用。
2、多菌灵：使用方法有喷雾、拌土、浸种、浸根、灌根等，使用范围较广泛。
