农村最主要的发酵原料是人畜粪便和秸杆，人畜粪便不需要进行预处理。而农作物秸杆由于难以消化，必须顾先经过堆沤才有利于沼气发酵。
在北方由于气温低，宜采用坑式堆沤：首先将秸杆铡成3厘米（一寸长）左右，踩紧堆成30厘米（一尺）厚左右，泼2％的石灰澄清液并加10％的粪水（即100公斤秸杆，用2公斤石灰澄清液，10公斤粪水）。照此方法铺3～4层，堆好后用塑料薄膜覆盖，堆沤半月左右，便可作发酵原料。
在南方由于气温较高，用上述方法直接将秸杆堆沤在地上即可。
