症状辣椒猝倒病多发生在早春育苗床或育苗盘上，常见的症状有烂种、死苗和猝倒三种。烂种是播种后，在其尚未萌发或刚发芽时就遭受病菌侵染，造成腐烂死亡。死苗是种子萌发拍出胚茎或子叶的幼苗，在其尚未出土前就遭受病菌侵染而死亡。猝倒是幼苗出土后、真叶尚未展开前，遭受病菌侵染，致幼茎基部发生水渍状暗斑，继而绕茎扩展，逐渐缢缩呈细线状，幼苗地上部因失去支撑能力而倒伏地面，苗床湿度大时，在病苗或其附近床面上常密生白色绵絮状菌丝，别于立枯病。
辣椒猝倒病症状，苗期发病首先会在茎基部形成暗绿色的水渍状病斑，之后植株会迅速地因褐腐缢缩而猝倒，有时茎基部会呈黑褐色，严重时幼苗会枯萎死亡；成株期若叶片感病则会出现病斑，病斑呈圆形或近圆形，边缘为黄绿色，中央为暗褐色；椒果发病多从蒂部开始，病斑为水渍状，暗绿色，扩大后可遍及整个椒果，潮湿时椒果表面会产生霉层。
