幼苗受害，茎基部出现暗绿色水渍状病斑，随后病斑环绕表皮扩展成暗褐色或黑褐色条斑，病部縊缩，折倒，枯死。湿度大时病茎及附近地面上有白色的霉状物，即病菌的孢囊梗和孢子囊。成株期染病，多在茎基部和枝杈处发病，起初在病部产生水浸状暗绿色病斑，随病情发展病斑扩展成长条形黑褐色，病部的皮层腐烂，病部以上的叶片由下向上逐渐青枯死亡。进入盛果期以后，以枝杈和近地面的椒果先发病，病果变褐軟腐，湿度大时病果表面有白色的霉状物。
苗期发病首先会在茎基部形成暗绿色的水渍状病斑，之后植株会迅速地因褐腐缢缩而猝倒，有时茎基部会呈黑褐色，严重时幼苗会枯萎死亡；成株期若叶片感病则会出现病斑，病斑呈圆形或近圆形，边缘为黄绿色，中央为暗褐色；椒果发病多从蒂部开始，病斑为水渍状，暗绿色，扩大后可遍及整个椒果，潮湿时椒果表面会产生霉层。
染病幼苗茎基部呈水浸状软腐，致上部倒伏，多呈暗绿色，最后猝倒或立枯状死亡；定植后叶部染病，产生暗绿色病斑，叶片软腐脱落；茎染病亦产生暗绿色病斑，引起软腐或茎枝倒折，湿度大时病部可见白霉；花蕾被害迅速变褐脱落；果实发病，多从蒂部或果缝处开始，初为暗绿色水渍状不规则形病斑，很快扩展至整个果实，呈灰绿色，果肉软腐，病果失水干缩挂在枝上呈暗褐色僵果。
辣椒最怕积涝而产生霉烂脱落荚巴。
辣椒疫病症状表现有茎基部出现水渍状病斑，后病斑扩展为长条形黑褐色，皮层腐烂，叶片由下而上青枯死亡，辣椒果染病变褐软腐，表面有白色霉状物。
颈部发病呈暗绿水渍状病斑，快速绕茎一周，病斑上部植株枯死，湿度大时病部产生白色霉层。
