引起玉米穗腐病的20多种霉菌会附着在玉米的种子、根茬、茎秆、穗轴等病残体上，在经过冬季以后，第二年，一遇阴雨潮湿的环境条件，病菌的子囊孢子就会很快生长成熟，遇风飞散，飘落在玉米的花丝上，引起病害，特别是进入夏季，多雨潮湿，温度在25℃以上，湿度达80%的条件正适合病菌的生长和流行，穗腐病往往伴随着虫害的发生而同时发生。如果收获后的玉米在入库时没有充分降水风干，含水量偏高的话，再加上贮藏期仓库密封程度不好，仓库内温度过高，这些情况都比较有利于各种霉菌腐生蔓延，引起玉米粒腐烂或发霉。
病原菌的传播方式因病原菌不同而不同。曲霉菌可由昆虫传播。镰刀菌可由突然转播通过系统侵染由根到玉米的穗部。病菌种子、病残体上越冬，为初浸染病源。病菌主要从伤口侵入，分生孢子借风雨传播。温度在15～28℃，相对湿度在75%以上，有利于病菌的浸染和流行，高温多雨以及玉米虫害发生偏重的年份，穗腐和粒腐病也较重发生。
