防治重点是在小麦扬花期预防穗腐发生。在始花期喷洒，要在小麦齐穗扬花初期（扬花株率5～10%）用药。药剂防治应选择渗透性、耐雨水冲刷性和持效性较好的农药，每亩可选用25%氰烯菌酯悬浮剂100～200毫升，或40%戊唑·咪鲜胺水乳剂20～25毫升，对水30～45公斤细雾喷施。视天气情况、品种特性和生育期早晚再隔7天左右喷第二次药，注意交替轮换用药。
小麦赤霉病可防，不可治，防治关键是见花打药。可用戊唑·咪鲜胺，戊唑·多菌灵，氰烯菌脂等药剂防治。
