整个生育期均可发病，茎、叶和果实各部位都可染病，以成株期现蕾挂果前后最易受害。幼苗期发病，幼苗茎部呈水渍状软腐，致使上部猝倒，病斑呈暗绿色，后形成梭形大斑。湿度大时，病部可长出白色稀疏霉层，幼苗整株枯萎而死。
染病幼苗茎基部呈水浸状软腐，致上部倒伏，多呈暗绿色，最后猝倒或立枯状死亡；定植后叶部染病，产生暗绿色病斑，叶片软腐脱落；茎染病亦产生暗绿色病斑，引起软腐或茎枝倒折，湿度大时病部可见白霉；花蕾被害迅速变褐脱落；果实发病，多从蒂部或果缝处开始，初为暗绿色水渍状不规则形病斑，很快扩展至整个果实，呈灰绿色，果肉软腐，病果失水干缩挂在枝上呈暗褐色僵果。辣椒疫病对产量、品质影响极大，严重时减产50%以上。
