菌核在土中越冬，萌发时产生子囊盘及子囊孢子，通过气流、雨水或农具传播，从植株的衰老部位侵入。
病菌可通过气流、雨水和农事传播。莴笋菌核病喜温暖潮湿的环境，在温度20℃，湿度大于80%，有利于该病的发生，当温度高35℃，病害很难发生。地势低洼易积水的田块，田间湿度高，发病率也高;种植过密，生长中后期未及时除去基部老叶、病叶、杂草，有利于发病;不注重种子处理、偏施氮肥，容易发病重。
