幼苗根系发达，吸水力强，容易徒长，因此番茄幼苗浇水量要小，浇水次数要少。要注意水分调节，以控水为主，促控结合，使苗床保持见干见湿状态，保证晴天的空气湿度为50%～60%，土壤湿度为75%～80%；阴天的空气湿度为50%～55%，土壤湿度为60%～65%。
水分管理。子叶出土前要保持土壤湿润，播种后子叶出土前可在育苗盘上盖一层报纸保温。待子叶出土后要适当控水，但是要根据苗情、育苗土含水量和天气情况进行浇水，以降温促进根系生长。高温季节，幼苗期浇水应选在早、晚较为凉爽的时间，切忌中午温度最高时浇水。通常在子中展开至真叶长出之前如果育苗土不太干可以不浇水，待真叶长出来后再浇水，以保持土壤见干见湿为宜。
