可用恶霉灵加敌磺钠灌根2-3次。
科学管理，水肥充足预防病虫害。
防控可从以改良土壤做起，增施有机肥，提高土壤有机质含量，花椒采摘后，施入生物菌肥或充分发酵腐熟的动物粪便，使用量以花椒树大小，和肥的种类含量而定，加少量的微量元素。未发酵好的动物粪便绝对不能施入，会加重根腐病的发生。做好排水工作，有涝能排，是椒园无积水，土壤偏酸的可以每亩施入50公斤左右的石灰调整酸碱度，散地面进行翻锄。在栽植前对花椒苗进行消毒。可用根腐灵，恶霉灵，粉绣宁，嘧菌酯加水浸泡3小时。在发病后对死亡的花椒树挖出烧掉，树坑用生石灰消毒，并晾晒。对没有发病的可全园灌根预防。药剂可选用，根腐灵，甲霜恶霉灵，粉绣宁等。并通过合理修剪，是树势健壮。
及时喷洒75%百菌清可湿性粉剂。
花椒根腐病可以用药剂灌根防治。
