花椒锈病可以用苯醚甲环唑防治。
在花椒落叶后应及时剪除枯枝、病虫枝、残叶病果，清扫园内树下落叶，铲除园内和四周杂草，带出园外集中处理，减少越冬菌源，降低病害发生率。由于花椒树根系较浅，及时中耕松土，清除杂草，可以改善土壤理化性状，减少养分无效消耗，促使树体健壮生长，增强抗病能力。二是追肥补水，应根据树体长势，在春季、生长中期的6月下旬至7月上旬和花椒采收后进行施肥，补充营养。如果遇干旱，要结合施肥进行补充灌水。防止水肥不足而削弱树势，降低抗病力。三是适当修剪、拉枝，减少田间密闭，改善植株通风透光条件，促使树体稳发壮长，增强抗病能力。
每年秋末给花椒树施足底肥（农家肥及磷、钾肥），使次年花椒树长势旺盛，增强其抗病力。发病初期采用粉锈宁、多菌灵1:500-800倍液或波美度5的石硫合剂进行叶面喷洒防治。
