按其功能和肥效可分为以下几类：①增加土壤氮素和作物氮素营养的菌肥，如根瘤菌肥、固氮菌肥、固氮蓝藻肥等；②分解土壤有机质的菌肥，如有机磷细菌肥料、综合性菌肥；③分解土壤难溶性矿物质的菌肥，如磷细菌肥料、钾细菌菌肥、菌根真菌肥料；④刺激植物生长的菌肥，如促生菌肥；⑤增加作物根系抗逆能力的菌肥，如抗生菌肥料、抗逆菌类肥料。
微生物肥可以大致分为五类。
微生物肥分为微生物菌肥，复合微生物肥和微生物有机肥。
