选择抗病品种，合理密植，科学施肥。
1.合理轮作：与旱田作物实行7-8年轮作。2.选种抗病品种：根据当地情况，因地制宜地选种高产抗病优良品种。3.种子消毒：用70%甲基硫菌灵(甲基托布津)可湿性粉剂100倍液，浸种消毒60分钟。4.播种或移栽时施用药土：用50%多菌灵、70%甲基硫菌灵(甲基托布津)可湿性粉剂按药：土(肥)比为1：10制成药土(药肥)，播种或移栽时，每穴撒施药土(药肥)10克左右，预防土壤中病菌的侵染。
嫁接是预防西瓜枯萎病最好的方法，其次是选用抗病品种。
