枸杞树根系与地上部关系很密切，因为根系生长所需的营养物质，主要由地上部的叶片光合作用制造，再通过枸杞枝干的韧皮部下运到根系而地上部所需的水分、矿物元素，则要由根系吸收供应。由于树体内时刻进行这种向上、向下的物质运动和交换，所以树体上下部之间每时每刻都在相互影响，并保持一定范围内的动态平衡关系。如果这种平衡一旦遭到破坏，就必须建立起新的平衡。如地上部某一部分受到破坏后，则会生长出新的枝叶等器官，来恢复平衡；若地下部根系遭到破坏，必然会长出新根，否则会影响地上部生长，使枝叶生长变弱，发生落花落果等，如果根系长久不能再生，严重时会因不能恢复平衡而导致树体死亡。
另外，枸杞树地上部与地下部生长都需消耗养分，这点是矛盾的。但是树体本身会进行调节，例如枸杞根系和枝条在一年中都有二次生长高峰，但根系生长比枝条生长早，它的生长高峰同枝条生长高峰是相互错开的，即根系生长旺盛的时候，枝条生长处于较缓慢状态。
枸杞树根系与果实生长发育的最旺盛时期也是相互错开的。根系在第一次生长高峰时，树上无果实。此后，花芽不断形成，花果逐渐增多，6～7月份出现盛期，而根生长速度逐渐减慢，水平根长2.36米，为冠径的4.21倍，而根系分布深度只有30多厘米。
