常见的病虫害有菌丝培养阶段的竞争性杂菌，如菌袋感染链孢酶、青霉、黄曲霉、木酶等；菌丝或鲜子实体受到白蚁、线虫、蛞蝓，干菇储藏期的谷蛾、谷盗等侵害。
在蘑菇菌丝培养过程中，比较容易出现的浸染性病害有木霉、根霉、毛霉、曲霉、链孢霉、青霉、腐烂性细菌、酵母菌、白色石膏霉、褐色石膏霉、鬼伞、胡桃肉状菌、斑褶菌、枯萎病、褐腐病、软腐病、黄霉菌、鱼子菌、棉絮状杂菌、病毒病、橄榄绿霉菌、链格孢霉、黏菌等。常见的非浸染性病害有菌丝徒长、不萌发、萎缩等现象。蘑菇出菇时期除了以上的这些病菌外，还有菇脚粗糙病、细菌性褐斑病、霜霉病、田野黄色单孢杆菌病、菌褶滴水病、干腐病、蘑菇星孢寄生菇病等。非侵染性病害有死菇以及地雷菇等各种非正常菇。
