贮藏用的南瓜应选取老熟瓜。老熟南瓜的果皮硬，呈现固有的色泽，果面蜡粉较多有利于保存。采收时保留一段果梗。同样，冬瓜也用老熟瓜贮藏。贮藏的瓜不能遭霜打，在生长期间应在瓜下垫砖或吊空，并防止日光曝晒。
南瓜和冬瓜贮藏的适温在10℃左右，空气相对湿度为70％～75％。可以贮存在空屋内或湿度较低的窖内，地面铺细沙、麦秆或稻草，堆放2～3层瓜。
