小麦条锈病菌主要以夏孢子在小麦上完成周年的侵染循环。转主寄主为小檗。其侵染循环可分为越夏、侵染秋苗、越冬及春季流行四个环节。小麦条锈菌在中国甘肃的陇东、陇南、青海东部、四川西北部等地夏季最热月份旬均温在20℃以下的地区越夏。
秋季越夏的菌源随气流传播到冬小麦区后，遇有适宜温度条件即可侵染冬麦秋苗，秋苗发病迟早及多少，与菌源距离和播种早晚有关，距越夏菌源近，播种早发病重。当平均气温降至1一2℃时，条锈菌开始进入越冬阶段。
