药物防治主要选用醚菌酯、吡唑醚菌酯等甲氧丙烯酸酯类杀菌剂。1、拌种：对秋苗常年发病较重的地块，用种子质量回0.2%的12.5%烯唑醇可湿性粉剂拌种，或用种子质量0.1%～0.15%的2%戊唑醇湿拌种剂拌种。2、喷药：对于已有病害发生的地块，可以在发病初期选用20%12.5%烯唑醇可湿性粉剂1500倍液。之后视病情严重程度，最高使用以上药量的2-4倍浓度喷雾。
当小麦条锈病的病叶率为1-2%时，可用丙环唑乳油或粉锈宁可湿性粉剂或粉锈宁乳油喷洒。如果病情严重，可在10天后进行第2次喷药。
