病害方面，辣椒树常见的病害主要有炭疽病、细菌性果斑病、褐斑病、白粉病等。其中，炭疽病是最为常见的病害之一，可以通过喷洒药剂或灰霉砷钠进行防治。细菌性果斑病可以用药剂进行防治，同时要注意清理树枝和枯叶，避免菌斑扩散。褐斑病和白粉病则可以用药剂进行防治，同时要注意保持树冠的通风透气。
虫害方面，辣椒树常见的虫害主要有果实蝇、叶螨、白粉虱等。其中，果实蝇对辣椒的危害最大，可以通过安装诱捕器、覆盖果实等方式进行防治。叶螨主要危害辣椒的叶片和嫩枝，可以通过喷洒药剂或提高空气湿度等方式进行防治。白粉虱则可以通过喷洒药剂或吸虫板进行防治。
