山茱萸是山茱萸科植物山茱萸干燥成熟果肉，吴茱萸是芸香科植物吴朱山、石虎或疏毛吴朱山干燥近成熟的果实。山茱萸与吴茱萸是性味不同、归经不同、效果不同、用途不同的中药材，两者不可混淆，更不可相互代替。在外观上也有一定的区别，山茱萸呈不规则的片状或囊状，吴茱萸呈球形或稍五角形扁球形。
一、山茱萸
山茱萸为山茱萸科植物山茱萸干燥成熟果肉，分布在山西、江苏、浙江、安徽、江西、山东、河南、湖南、四川、陕西、甘肃等地，具有补肝肾、收敛固脱的效果，常用于眩晕耳鸣、腰膝酸痛、阳痿遗精、遗尿频繁、泄漏带下、汗水脱落、内热消渴等症状。
二、吴茱萸
吴茱萸是芸香科植物吴朱山、石虎或疏毛吴朱山干燥近成熟的果实，具有降寒止痛、降反止呕、助阳止泻的效果，常用于晕厥头痛、寒疝腹痛、寒湿脚气、腹痛、腹胀痛、呕吐吞酸、五更腹泻等症状。
三、山茱萸与吴茱萸的区别
1、性味不同：山楂酸、涩、性微温。吴氡味辛苦，性热，有小毒。
2、归经不同：山楂归肝、肾经。吴氡归肝、脾、胃、肾经。
3、效果不同：山楂有补肝肾、涩精脱落的效果。吴氡具有散寒止痛、止呕、助阳止泻等效果。
4、主治不同：山朱山经常用于眩晕耳鸣、腰膝疼痛、阳痿遗精、遗尿频率、泄漏带下、汗水脱落、内热解渴等症状。吴氡常用于土耳其阴部头痛、寒疝腹痛、寒湿脚气、经行腹痛、腹胀痛、呕吐吞酸、五更腹泻等症状。
5、外观不同：
（1）山茱萸呈不规则的片状或囊状，表面紫红色至紫黑色，皱纹，有光泽，顶部有圆形宿管痕迹，基部有果梗痕迹，质量柔软。
（2）吴茱萸呈球形或稍五角形扁球形，直径2~5毫米，表面暗黄绿色至褐色，粗糙，有许多点状突起或凹陷的油点，顶部有五角形星形裂缝，基部残留有黄色毛的果梗，质硬脆，横切面可见子室5室，每室有淡黄色种子1粒，味浓郁。
