菌核病发生的地块，土壤中残留了大量的菌核，菌核在土壤中可存活数年，但一般在3a后活力大大降低，所以采用禾本科作物作为向日葵轮作对象进行轮作换茬，能大大降低菌核病的发生概率，轮作的时间越长，效果越好。
向日葵菌核病用菌核净和抑快净防治。
向日葵菌核病可以用菌核净喷雾预防。
轮作倒茬：向日葵连作会造成土壤养分构成比例失调，病虫害严重，空壳率显着增加而导致减产。故要与禾本科作物轮作2-3年以上。整地选种：耕种前彻底清除病株残余，减少菌源。深耕土地，积极保墒，施足基肥。选用优良抗病品种，并用新高脂膜拌种（能驱避地下病虫，隔离病毒感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率）。按要求适期播种。田间管理：幼苗出土后，要对其根部做新高脂膜处理，促进根系发育，增强抗病能力。根据作物不同生长阶段对水肥的需求，科学施肥，合理排灌。在开花前要喷施壮穗灵，强化向日葵生理机能，提高受精、灌浆质量，降低空壳率，提高结实率，增加产量。
