辣椒根腐病发生初期用大生或氢氧化铜制剂喷施或淋施防治。
选择合适的地块，将其整理好之后作为育苗的地块，然后选择优质的辣椒品种，并对种子进行浸种处理，在适宜的时期播种；实行与豆科、禾本科作物进行3-5年的轮作；对土地进行精耕细作，悉心培育壮苗，在移植时尽量不伤根，移植后精心整理，保证土壤不积水沤根，并施足基肥；适时浇水，防止地上和植株内的水分蒸发。
