农业防治。培育和选用耐病性较强的品种。一是实行水旱轮作。通过灌水将残留在土壤中的菌核浸泡腐烂，减少传染源；二是处理残株。油菜脱粒后，把茎枝叶及角果皮等进行单独处理或放入水田沤制肥料；三是深耕灭菌。秋季深耕，春季中耕培土1-2次，可以破除、淹埋子囊盘；四是种子处理。通过筛选、风选、药剂拌种等方法消除菌核和杀灭种子表皮病菌，播种无病种子。
油菜菌核病防治需实行稻油轮作，连种时间不能超过2年，选用抗病品种种植，播种前种子用10%盐水选种，肥料使用酵素菌沤制的堆肥或腐熟有机肥，在盛花期用38%恶霜菌酯水剂800倍液、30%甲霜恶霉灵2000倍液等进行防治，开花后期及时摘除老黄病叶。
油菜菌核病防治需实行稻油轮作。
